Fornitura quinquennale di attrezzature da laboratorio in service e materiali di consumo per anatomia patologica, fibrosi cistica e di diagnostici per sequenziamento esomico tramite Next generation

Azienda ospedaliero-universitaria Policlinico «G. Rodolico — S. Marco»

Oggetto dell’appalto è la fornitura in somministrazione continuata per cinque anni di tre distinti lotti, di attrezzature da laboratorio in service e dei relativi materiali di consumo dedicati per anatomia patologica (stazione robotizzata per colorazione e montaggio vetrini), fibrosi cistica e di diagnostici per sequenziamento esomico tramite Next generation sequenciung distinta in tre lotti unici ed inscindibili come di seguito specificato:
— lotto 1: stazione robotizzata per colorazione e montaggio vetrini per anatomia patologica,
— lotto 2: attrezzatura in service e relativo materiale di consumo per fibrosi cistica in Next generation sequencing, NGS,
— lotto 3: analisi per sequenziamento esomico (wes) mediante tecnologia Next generation sequencing (NGS).

Scadenza

Il termine per la ricezione delle offerte era 2020-10-06. L'appalto è stato pubblicato su 2020-08-25.

Chi?

• Azienda ospedaliero-universitaria Policlinico «G. Rodolico — S. Marco»

Cosa?

• Apparecchi diagnostici › Sistemi diagnostici

Dove?

• Sicilia › Catania

Storia dell'approvvigionamento

Data	Documento
2020-08-25	Avviso di gara

Avviso di gara (2020-08-25)
Oggetto
Ambito di applicazione dell'appalto
Titolo: Sistemi diagnostici
Breve descrizione:

Oggetto dell’appalto è la fornitura in somministrazione continuata per cinque anni di tre distinti lotti, di attrezzature da laboratorio in service e dei relativi materiali di consumo dedicati per anatomia patologica (stazione robotizzata per colorazione e montaggio vetrini), fibrosi cistica e di diagnostici per sequenziamento esomico tramite Next generation sequenciung distinta in tre lotti unici ed inscindibili come di seguito specificato: — lotto 1: stazione robotizzata per colorazione e montaggio vetrini per anatomia patologica, — lotto 2: attrezzatura in service e relativo materiale di consumo per fibrosi cistica in Next generation sequencing, NGS, — lotto 3: analisi per sequenziamento esomico (wes) mediante tecnologia Next generation sequencing (NGS).

Metadati dell'avviso
Lingua originale: italiano 🗣️
Tipo di documento: Avviso di gara
Natura del contratto: Forniture
Regolamento: Unione Europea, con partecipazione AAP
Vocabolario comune per gli appalti (CPV)
Codice: Sistemi diagnostici 📦
Codice CPV supplementare: Sistemi diagnostici 📦
Luogo di esecuzione
Regione NUTS: Catania 🏙️

Procedura
Tipo di procedura: Procedura aperta
Tipo di offerta: Presentazione di un'offerta per tutti i lotti
Criteri di assegnazione
Offerta economicamente più vantaggiosa

Amministrazione aggiudicatrice
Identità
Paese: Italia 🇮🇹
Tipo di amministrazione aggiudicatrice: Altro
Nome dell'amministrazione aggiudicatrice: Azienda ospedaliero-universitaria Policlinico «G. Rodolico — S. Marco»
Indirizzo postale: via Santa Sofia 78
Codice postale: 95123
Città postale: Catania
Contatto
Indirizzo Internet: http://www.policlinicovittorioemanuele.it 🌏
E-mail: provveditorato@ao-ve.it 📧
Telefono: +39 0953781722 📞
Fax: +39 0953781727 📠
URL dei documenti: https://appalti.policlinico.unict.it 🌏
URL per la partecipazione: https://appalti.policlinico.unict.it 🌏

Riferimento
Date
Data di invio: 2020-08-25 📅
Termine di presentazione: 2020-10-06 📅
Data di pubblicazione: 2020-08-28 📅
Identificatori
Numero dell'avviso: 2020/S 167-402907
Numero GU-S: 167
Informazioni aggiuntive

Tutti i partecipanti alla gara sono ammessi alle sedute pubbliche svolte sulla piattaforma telematica, mediante connessione alla stessa.

Oggetto
Ambito di applicazione dell'appalto
Breve descrizione:

— lotto 1: stazione robotizzata per colorazione e montaggio vetrini per anatomia patologica,

— lotto 2: attrezzatura in service e relativo materiale di consumo per fibrosi cistica in Next generation sequencing, NGS,

— lotto 3: analisi per sequenziamento esomico (wes) mediante tecnologia Next generation sequencing (NGS).

Valore totale stimato: 1 270 000 EUR 💰
Numero massimo di lotti per offerente: 3
Denominazione del lotto: Stazione robotizzata per colorazione e montaggio vetrini per anatomia patologica
Numero del lotto: 1
Breve descrizione:

N. 1 stazione robotizzata per la colorazione ed il montaggio dei vetrini per istologia per la UOC di anatomia patologica S. Marco per 60 000 vetrini/anno, completa di vetrini, coprioggetto/film, coloranti e reagenti accessori necessari alle colorazioni per istologia, come in seguito esplicitato.

Valore stimato al netto dell'IVA: 320 000 EUR 💰
Durata: 60 mesi
Descrizione delle opzioni:

La fornitura avrà la durata di anni 5 (sesanta mesi), con decorrenza dalla data di stipula del contratto fino alla sua scadenza, salvo il periodo di proroga come espresso in premessa (paragrafo 1 del presente disciplinare) e previsto, ai sensi dell’art. 106, comma 11 del D.Lgs. n. 50/2016, per il tempo strettamente necessario all’individuazione del nuovo contraente.

Denominazione del lotto: Fibrosi cistica in Next generation sequencing, NGS
Numero del lotto: 2
Breve descrizione:

N. 1 sistema di sequenziamento di Next generation sequencing e relativi strumenti e accessori come in seguito descritto.

Caratteristiche generali — requisiti minimi del sistema NGS:

1) sistema NGS di ultima generazione e di livello tecnologico avanzato, perfettamente funzionante e conforme alla normativa vigente applicabile corredato da tutti gli accessori necessari al suo funzionamento, compresa la possibilità di preparazione delle librerie in automatico;

2) sistema NGS con possibilità di sequenziamento paired-end;

3) sistema con produttività di almeno 7 Gb per singola corsa;

4) sistema che generi sequenze del target >85 % con qualità di almeno Q30 (Phred quality score);

5) il sistema deve dare la possibilità di impiegare materiali a produttività differente sulla base delle esigenze della singola corsa;

6) il sistema deve garantire il sequenziamento NGS targeted del gene CFTR, coverage medio 100x;

7) software di analisi primaria e secondaria integrati nel sistema con possibilità di analisi in automatico e esportazione dei dati;

8) il sistema deve consentire un elevato livello di automazione riducendo al minimo l’intervento dell’operatore;

9) durante la fase di preparazione dei campioni deve essere garantita la completa tracciabilità dei campioni analizzati mediante tecnologia in grado di garantirla;

10) i dispositivi devono essere dotati di marcatura CE in conformità alla direttiva dei dispositivi medico-diagnostico in vitro (IVD);

11) il sistema NGS richiesto deve essere aperto e quindi predisposto ad altre necessità diagnostiche del laboratorio come, il sequenziamento NGS di pannelli custom (0.1-1 Mb di target) con coverage medio 100X e l’analisi tramite kit commerciali di NGS, di altre patologie genetiche di interesse del laboratorio. Anche in caso di nuove implementazioni diagnostiche è richiesta la manutenzione e assistenza tecnica di tipo full risk su tutta la strumentazione.

Valore stimato al netto dell'IVA: 300 000 EUR 💰
Descrizione delle opzioni:

La fornitura avrà la durata di anni 5 (sesanta mesi) con decorrenza dalla data di stipula del contratto fino alla sua scadenza, salvo il periodo di proroga come espresso in premessa (paragrafo 1 del presente disciplinare) e previsto, ai sensi dell’art. 106, comma 11 del D.Lgs. n. 50/2016, per il tempo strettamente necessario all’individuazione del nuovo contraente.

Denominazione del lotto: Sequenziamento esomico (WES) mediante tecnologia Next generation sequencing (NGS)
Numero del lotto: 3
Breve descrizione:

N. 1 sequenziamento esomico (WES) mediante tecnologia Next generation sequencing (NGS) come in seguito descritto:

Analisi NGS esomica, fornitura dei dati grezzi di analisi e di quelli allineati al genoma di riferimento, annotazione funzionale delle varianti per un fabbisogno presuntivo annuale di 200 analisi.

Analisi dell’esoma tramite tecnologia NGS, comprensive di arricchimento delle regioni genomiche da investigare, produzione delle libraries genomiche e del sequenziamento parallelo e allineamento delle reads prodotte al genoma umano di riferimento. Il prodotto finale della singola analisi «Whole-exome sequencing» (WES) sarà rappresentato dalla fornitura tramite procedura telematica o fisica dei rispettivi file elettronici contenenti i dati grezzi (FASTQ files), l’allineamento al genoma di riferimento (Bam files) e i parametri di qualità dell’analisi, annotazione delle varianti e l’analisi bioinformatica richiesta.

La fornitura della singola analisi deve essere costituita da:

1) i rispettivi file elettronici contenenti i dati grezzi (FASTQ files) dell’analisi;

2) i file contenenti l’allineamento al genoma di riferimento (BAM files);

3) i file contenenti il variant calling con annotazione delle varianti (VCF o gVCF) e il supporto per l’analisi interpretativa;

4) i parametri dettagliati di qualità dell’analisi.

La fornitura deve comprendere:

1) supporto bioinformatico per tutta la durata della fornitura per eventuali necessità o esigenze di analisi;

2) accettazione delle richieste di analisi con cadenza programmata e consegna dei risultati entro un massimo di 45 giorni dalla richiesta;

3) certificazione UNI EN ISO 9001 dell’ente fornitore.

Requisiti minimi del sistema di Next generation sequencing (NGS):

1) controlli di qualità del DNA genomico spedito (comprensivo di quantificazione fluorimetrica e su gel d’agarosio);

2) arricchimento della regione esomica estesa alle regioni consenso di splicing (20 nt minimo);

3) controlli di qualità sulle librerie ottenute;

4) sequenziamento su piattaforma NGS con produzione di almeno 7 Gbp per campione (nel formato paired end 2x150 bp);

5) sequenze con una qualità misurata tramite parametro Q30 con % >80 %;

6) analisi bioinformatica di controllo della qualità delle sequenze prodotte;

7) consegna dei dati in formato FASTQ;

8) analisi bioinformatica comprensiva di allineamento delle sequenze sul genoma di riferimento (file BAM), annotazione delle varianti comprensiva di analisi attraverso la previsione funzionale in silico con i principali tool di riferimento e comparazione rispetto ai principali database internazionali;

9) coverage medio > 80 x;

10) copertura >95 % su geni RefSeq.

Valore stimato al netto dell'IVA: 650 000 EUR 💰
Luogo di esecuzione
Sede principale o luogo di esecuzione: AOU Policlinico «G. Rodolico — San Marco» di Catania

Informazioni legali, economiche, finanziarie e tecniche
Esecuzione dell'appalto
Condizioni di esecuzione del contratto: Vedi disciplinare di gara, paragrafo 13. Stipula del contratto.

Procedura
Base giuridica: 32014L0024
Ora di ricezione delle offerte: 12:00
Lingue in cui possono essere presentate le offerte o le domande di partecipazione: italiano 🗣️
Periodo di validità dell'offerta: 6 mesi
Data di apertura delle offerte: 2020-10-07 📅
Ora di apertura delle offerte: 09:30
Luogo: Mediante piattaforma elettronica, presso i locali del Settore provveditorato ed economato dell'Azienda ospedaliero-universitaria Policlinico «G. Rodolico — San Marco».
Informazioni aggiuntive:

Tutti i partecipanti alla gara sono ammessi alle sedute pubbliche svolte sulla piattaforma telematica, mediante connessione alla stessa.

Criteri di assegnazione
Criterio di qualità (nome): 70
Criterio di qualità (ponderazione): 100
Prezzo (ponderazione): 30/100

Amministrazione aggiudicatrice
Identità
Numero di registrazione nazionale: 04721290874
Altro tipo di amministrazione aggiudicatrice: Azienda del SSN
Contatto
Referente: Maurizio Grasso
Indirizzo del profilo dell'acquirente: http://www.policlinicovittorioemanuele.it 🌏
URL dei documenti: https://appalti.policlinico.unict.it 🌏
Indirizzo Internet: https://appalti.policlinico.unict.it 🌏

Informazioni complementari
Corpo di revisione
Nome: Tar
Città postale: Catania
Paese: Italia 🇮🇹
Fonte: OJS 2020/S 167-402907 (2020-08-25)

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